部分股东不同意公司合并的，公司可以召开股东大会，如果公司合并的决议经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过的，则公司合并继续进行，反对公司合并的股东可以要求公司以合理价格收购其股份。
反之如果公司合并的决议没有经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过的，则公司不能进行合并。

《公司法》第四十三条
股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。