当事人在投资新公司的时候可以通过与合作方制定公司章程的方式防止侵权行为。订立公司章程，在法律规定的范围内，具体约定董事长、监事、法人代表、经理的工作权限和工作方式。在公司的生产经营活动中，双方应依照公司章程的规定，对新公司的经营活动进行监管，规范各种经营活动，发现合法权益被侵犯时应及时维权。

《中华人民共和国公司法》
第十一条设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。