当在申请劳动仲裁时发现公司已注销时，需依据不同情形进行处理。
其一，倘若公司在注销前已按照法定程序进行了清算，那么清算主体需在清算的范围内承担相应责任。
此时，劳动者可以向法院提起诉讼，向清算主体主张其应承担的法律责任。
比如，清算主体在清算过程中是否存在遗漏债务等行为，劳动者需通过法律途径来确定其责任并要求其进行赔偿。
其二，要是公司未经清算就办理了注销登记，这就导致了劳动者的权益受到了损害。
在此情况下，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，需对劳动者承担清偿责任。
这些责任主体不能以公司已注销为由逃避责任，而应依法对劳动者的损失进行赔付。
其三，若公司注销之后，发现有可供执行的财产，劳动者可以向法院申请追加相关责任主体为被执行人。
这样就能通过法律手段，利用这些可执行的财产来维护自身的合法权益。
总之，在面对公司注销的情况时，劳动者必须明确公司注销的具体情况，准确确定责任主体，然后通过合法的途径来主张自己的权利，以确保自身的合法权益得到保障。

案情回顾:

小朱申请劳动仲裁时发现公司已注销。争议点在于公司注销的不同情形下责任承担问题，包括清算后有无遗漏债务、未经清算注销及注销后有可执行财产等情况该如何处理。

案情分析:

1、若公司注销前依法清算，清算主体在清算范围内担责。如清算有遗漏债务等行为，小朱可向法院起诉清算主体，要求其担责赔偿。
2、若公司未经清算注销，有限责任公司股东等责任主体要对小朱承担清偿责任，不能以公司注销逃避。
3、若注销后有可执行财产，小朱可申请追加相关责任主体为被执行人以维权。