1.当对方公司已经办理了注销手续时，通常来讲，原公司的主体地位就不复存在了，这样就很难直接去对它提起诉讼。
因为公司一旦注销，其作为法律主体的资格就消失了，没有了这个主体，诉讼也就难以进行下去。
2.不过，我们可以考虑去起诉公司的清算主体，一般来说就是公司的股东之类的人。
要是股东在公司进行注销的过程当中存在一些过错，像是没有按照法定程序进行清算等情况，那他们就应该对公司的债务承担相应的责任。
这就像是股东在公司结束的时候没有做好自己的分内之事，就需要为公司的遗留问题负责。
3.在此过程中，我们需要收集一些相关的证据，比如双方签订的合同，这些合同能够明确双方的权利和义务；还有往来的邮件，它们可以反映出双方在业务往来中的沟通情况；以及付款凭证，这能证明债务的存在以及支付情况。
只有有了这些证据，才能有力地证明双方存在法律关系以及对方公司的债务状况。
4.在起诉的时候，一定要明确被告是相关的清算主体，不能弄错对象。
并且要在起诉状中详细地阐述起诉的理由和依据，把为什么要起诉、依据是什么都写清楚，让法院能够清楚地了解整个事情的来龙去脉。
5.如果遇到其他特殊的情况，比如说公司注销存在违法违规的行为等，这时候就需要进一步去咨询专业的律师，让他们根据具体情况给出更准确的法律建议。
因为不同的情况可能会有不同的法律处理方式，专业律师能够更好地帮助我们解决问题。

案情回顾:

小朱所在公司与小李的公司有业务往来，后小李公司注销。小朱公司索要欠款遇阻，争议点在于小李公司已注销，主体不存在难以直接诉讼。小朱欲通过起诉清算主体解决，需收集证据并明确被告。

案情分析:

1、小李公司注销后，其法律主体资格消失，直接起诉该公司无法律依据，诉讼难以推进。
2、若小李作为股东在注销过程中有过错，如未按法定程序清算，应承担公司债务责任，小朱可起诉。
3、小朱需收集合同、邮件、付款凭证等证据，以证明法律关系和债务状况。
4、起诉时要明确被告为清算主体，起诉状应阐述清楚理由和依据。
5、若存在注销违法违规等特殊情况，应咨询专业律师获取准确法律建议。