首先，在公司注册的方面存在出资数额上的差异。
个体工商户在办理商业注册登记程序之时，并不具备规定的最低出资额，然而对于企业来说，完成注册所必需的最低金额设定为3万元人民币，并且值得注意的是，如果是由单个股东出资组建的一人制有限责任公司，那么它所需的最低资本金则为10万元人民币。
其次，在工商登记流程上，个体工商户的申请步骤简化许多，所需费用也较低廉，从而让经营管理过程中更为灵活，而企业由于注册后拥有更高的信用度以及知名度，因此可以凭借其业务执照以官方身份对外签署各种合约。
关于税务待遇的问题，个体工商户无法享有优惠政策，而且无需为其投资承担任何风险，并且也无须聘请专业的会计师进行财务统计与整理工作。
然而，相较而言，有限责任公司则需要每月进行账务处理并向相关机构提交纳税申报表，以便享受相应的税务优惠政策。
另外，个体工商户不得申请应缴纳增值税率为16%的增值发票，相反仅能申请适用小规模纳税人（3%）的普通发票；
而个体企业则可有权申请应缴纳增值税率为16%的一般纳税人专用发票。

《促进个体工商户发展条例》第二条
有经营能力的公民，依照本条例规定经工商行政管理部门登记，从事工商业经营的，为个体工商户。
个体工商户可以个人经营，也可以家庭经营。
个体工商户的合法权益受法律保护，任何单位和个人不得侵害。