公司变更股东监事人的程序是：
1、据公司章程的规定和程序，提交监事的变更的提议；
2、股东大会表决；
3、股东会做出变更决议后，向原公司登记机关备案。
股东担任的监事由股东大会选举或更换，职工担任的监事由公司职工民主选举产生或更换。

《中华人民共和国公司法》第一百一十七条
股份有限公司设监事会，其成员不得少于三人。监事会应当包括股东代表和适当比例的公司职工代表，其中职工代表的比例不得低于三分之一，具体比例由公司章程规定。监事会中的职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。