1、投资主体不同。
（1)有限责任公司的投资主体可以是自然人，也可以是法人。
（2)个人独资企业的投资主体只能是自然人。
2、法律形式不同。
（1)有限责任公司属于法定的民事主体，具有法人资格。
3、税收征缴规定不同。
（1)有限责任公司按照税法规定，需要缴纳企业所得税。
（2)个人独资企业不需要缴纳企业所得税，只需要缴纳个人所得税。
4、投资者责任承担不同。
（1)有限责任公司的股东以认缴的出资额为限承担“有限责任”，仅在股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的情况下对公司债务承担连带责任。
（2)个人独资企业的投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
5、财务核算不同。
（1)有限责任公司的财务核算要求高于个人独资企业。
有限责任公司应当在每一会计年度终了时编制财务会计报告，并经会计师事务所审计。
（2)个人独资企业则只需依法设置会计帐簿，进行会计核算，无需经会计师事务所审计。
（2)个人独资企业属于非法人组织，不具有法人资格。
一人有限责任公司的名称应该带有“有限责任公司”字样，而个人独资企业的名称则不能称公司。

《公司法》第五十七条
有限责任公司的设立和组织机构，适用本节规定；
本节没有规定的，适用本章第一节、第二节的规定。本法所称一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司。