1、受理机构不同。
申请人需根据商标申请的类别和用途，向国家工商行政管理总局商标局提交相关材料并缴纳费用，由该部门对之进行审核和批准；相比之下，版权申请可直接向中国版权登记中心申请办理，同样需要提交相应材料与支付相应费用，经该中心审核无误后给予相应证书。
2、保护客体不同。
依据《中华人民共和国商标法》第三条规定，商标既包括商品商标又涵盖服务商标。
同时，商标的专利性仅限于市场流通领域，而不受时间和地点限制。
然而，版权则主要针对文学艺术作品等创意智力成果，存在实际经济价值且属于知识产权范畴。
只有通过合法的递交途径以及符合法律规定的条件，才可获取版权证书以及受到法律保护。
3、保护期限各异。
依据《中华人民共和国商标法》第四十条规定，商标的有效期自核准之日起10年内有效。
然而，对于版权而言，尽管未有明确法律规定，但通常认为其保护期限从创作完成之日起延至作者生前及死后五十年，是一种永久性的精神财产保障。

《商标法》第三十三条
对初步审定公告的商标，自公告之日起三个月内，在先权利人、利害关系人可以向商标局提出异议，请求商标局不予核准注册。