对于恶意阻碍商铺正常运营行为的惩罚标准需依据具体情境来判断，具体如下所示：
（1）若干扰商铺正常运营的行为达到情节严重程度，可能涉嫌构成破坏生产经营罪，而在情节轻微的前提下，则可进行治安处罚；
（2）如出于泄愤报复或其他个人目的，对机械设备、耕畜等进行破坏，或者采取其他方式破坏生产经营，导致公共财产和私人财产损失超过五千元人民币，或者连续三次以上破坏生产经营，或者纠集三人以上公开破坏生产经营，或者其他形式的破坏生产经营行为，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制的刑罚；
（3）如果情节特别严重，将被判处三年以上七年以下有期徒刑。

《中华人民共和国治安管理处罚法》第二十三条，有下列行为之一的，处警告或者二百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款：
（一）扰乱机关、团体、企业、事业单位秩序，致使工作、生产、营业、医疗、教学、科研不能正常进行，尚未造成严重损失的；
（二）扰乱车站、港口、码头、机场、商场、公园、展览馆或者其他公共场所秩序的；
（三）扰乱公共汽车、电车、火车、船舶、航空器或者其他公共交通工具上的秩序的；
（四）非法拦截或者强登、扒乘机动车、船舶、航空器以及其他交通工具，影响交通工具正常行驶的；
（五）破坏依法进行的选举秩序的。
聚众实施前款行为的，对首要分子处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。