倘若犯罪嫌疑人与受害者之间达成刑事和解协议，案件的后续处理程序将根据具体情况有所变化。
首先，公安机关有权决定是否撤案。
然而需要注意的是，这仅适用于自诉案件，且必须在自诉人尚未宣告判决之前撤回自诉请求方可生效。
至于公诉案件，立案之后则不得随意撤诉。
其次，检察机关有权决定是否不起诉。针对侮辱诽谤罪、暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪以及侵占罪等四类自诉案件，若被害人或其他具有告诉权的人士未提出告诉，或者在提出告诉后又撤回告诉的，那么人民检察院将会做出不起诉的决定。
最后，法院应考虑到被告人已与受害者达成和解的事实，对其予以从轻处罚。也就是说，在判决时应适用相对较轻的刑罚种类或较低的刑期幅度。

《刑事诉讼法》第二百八十九条
双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。