非法经营行为轻微会否留下案底在检察院发布不起诉裁决书后，案件是否留下案底应根据具体情况而定：
首先，倘若犯罪嫌疑人是由于缺乏违法犯罪事实为由而获得不起诉，那么其个人档案将不会记录该次事件；
其次，若犯罪嫌疑人为非因为无罪被确定不起诉，或者因其犯罪行为轻微且符合《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定的任何一种情形而被不起诉，那么其个人档案中仍然会保留相应的案底记录。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。