部分合法部分违法建设可以通过罚款、补办手续获得合法性。对不妨碍公共利益的责令其补办手续；对轻微妨碍社会公共利益的，可采取改正措施的责令限期改正，或处罚款；对严重妨碍社会公共利益的，责令限期拆除或者予以没收。

《中华人民共和国土地管理法》第七十九条
无权批准征收、使用土地的单位或者个人非法批准占用土地的，超越批准权限非法批准占用土地的，不按照土地利用总体规划确定的用途批准用地的，或者违反法律规定的程序批准占用、征收土地的，其批准文件无效，对非法批准征收、使用土地的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。非法批准、使用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，以非法占用土地论处。
非法批准征收、使用土地，对当事人造成损失的，依法应当承担赔偿责任。