具体来说，被判处有期徒刑两年并同时宣告缓刑三年的被告人，其刑事档案中无疑将留下相关案底。因为缓刑乃是有期徒刑的一种行刑方式，若非触犯刑法，自然无需给予被告人缓刑之罚。
然而，只要构成犯罪事实，无论采取何种行刑方式如监外执行、缓刑抑或管制等，均无法避免在被告人的刑事档案中留下案底记录。

《刑法》第七十二条
对于被判处拘役、三年以下有期徒刑的犯罪分子，同时符合下列条件的，可以宣告缓刑，对其中不满十八周岁的人、怀孕的妇女和已满七十五周岁的人，应当宣告缓刑：
（一）犯罪情节较轻；
（二）有悔罪表现；
（三）没有再犯罪的危险；
（四）宣告缓刑对所居住社区没有重大不良影响。
宣告缓刑，可以根据犯罪情况，同时禁止犯罪分子在缓刑考验期限内从事特定活动，进入特定区域、场所，接触特定的人。
被宣告缓刑的犯罪分子，如果被判处附加刑，附加刑仍须执行。