个体工商户零申报操作流程如下：
首先，您需登录当地税务部门的官方网站并逐层点击进入税务申报模块；
其次，在申报界面里找到“增值税申报”功能，然后根据实际情况完整填写增值税报表，请确保所有数据均为零；在填写完成后，再进行数字证书签名步骤；
最后，对所填写的报表进行仔细的核实检查，以保证所填写的信息和数据准确无误后，便可点击提交按钮结束整个办理手续。所谓零申报，即是指企业在纳税申报的所属期间内未曾产生任何应税收入，换言之，就是指在申报过程中应税收入数据应当填报为零。

《中华人民共和国企业所得税法》第五十条
除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。
居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。