劫持船只罪的处罚有两种情形：
1、犯此罪，处五年以上十年以下有期徒刑；
2、犯此罪，如果造成严重后果的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
劫持船只、汽车罪是指以暴力、胁迫或者其他方法强使行驶或使用中的汽车、船只按照行为人指定的路线、方向、航向或目的地行驶或强使车船改变用途的犯罪行为。

《刑法》第一百二十二条
以暴力、胁迫或者其他方法劫持船只、汽车的，处五年以上十年以下有期徒刑；造成严重后果的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。