当遭遇轻伤二级的情况并立案后，一般来说是需要进行处罚的。
从刑法层面来看，倘若故意伤害他人身体导致了轻伤的后果，那么将会被处以三年以下的有期徒刑、拘役或是管制。
立案这一行为，标志着案件正式进入了司法程序，此时司法机关会依照法定程序开展调查、收集证据等一系列工作。
倘若犯罪嫌疑人具备自首、立功等法定的从轻、减轻情节，亦或是属于初犯、偶犯，并且能够积极地对被害人的损失进行赔偿，同时获得了被害人的谅解，在综合考量所有这些因素之后，法院有可能会酌情对其从轻处罚，甚至还有可能判处缓刑等相对较轻的刑罚。
然而，这绝对不意味着就可以不进行处罚，仅仅是在量刑的考量上会有所不同。
总而言之，在轻伤二级立案之后，通常是需要承担相应的法律责任的，而具体的处罚结果则需要根据案件的实际情况来进行判定。
案情回顾:
小朱与小李发生冲突，小朱故意伤害小李致其轻伤二级，案件立案。小朱积极赔偿小李损失并获谅解，且有自首情节，但司法机关认为仍应处罚，小朱认为自己有从轻情节不应受罚，双方产生争议。
案情分析:
1、小朱故意伤害小李身体致轻伤二级，依据刑法，理应处以三年以下有期徒刑、拘役或管制，立案后司法机关按程序调查、收集证据是法定流程。
2、虽小朱有自首、积极赔偿并获谅解等从轻情节，法院量刑时会综合考量，但这不代表可不处罚，具体处罚结果需结合案件实际判定。