依据我国法律法规的明文规定，关于故意销毁会计凭证罪的案件侦查与立案定案标准如下:
其一，行为人故意销毁已经存在的会计凭证、会计账簿和财务会计报告，并且这其中所涉及的确切的经济金额高达人民币伍拾万元及其以上的;
第二点则是指行为人依法应该向我国司法机关、行政管理机构以及相关的主管部门提供所需要的会计凭证、会计账簿及财务会计报告，但他却恶意地隐匿或恶意销毁这些资料，甚至拒绝将它们提交出来的;
最后一种情况是属于其他法定的立案情形，包括但不仅限于此。

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第八条
隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计账簿、财务会计报告，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）隐匿、故意销毁的会计凭证、会计账簿、财务会计报告涉及金额在五十万元以上的；
（二）依法应当向司法机关、行政机关、有关主管部门等提供而隐匿、故意销毁或者拒不交出会计凭证、会计账簿、财务会计报告的；
（三）其他情节严重的情形。