倘若行为人非法擅自挪用公款六万元，已经触犯了我国刑法中的“挪用公款罪”，将会被依法判处五年以下有期徒刑或拘役。
但是，如果行为人是将正在产生利息的公款或是需要支付利息的公款私人借用，并且涉及到的金额较大（具体标准将根据当地司法部门的规定来确定），尽管其已将这些公款的本金在三个月内归还，那么按照相关法律法规，他仍然有可能会受到从轻处罚甚至得到宽恕而免于刑事责任。

《中华人民共和国刑法》第三百八十四条
国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役；
情节严重的，处五年以上有期徒刑。
挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。