在涉及职务侵占罪的问题上，即便涉案人员与受害者之间进行了私人协商并达成共识，有关部门仍有权根据实际情况对其进行依法立案侦查。
原因在于，职务侵占罪作为一种严重犯罪行为，所影响的范畴不仅仅局限于个人利益，更为重要的是它对于社会公共秩序以及国家法律尊严的破坏和侵犯。
因此，在法律框架内，无论是私了还是诉讼，司法机关都有责任去维护公平和正义。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十条
【立案的材料来源对立案材料的接受和处理】任何单位和个人发现有犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权利也有义务向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者举报。
被害人对侵犯其人身、财产权利的犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者控告。
公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。
犯罪人向公安机关、人民检察院或者人民法院自首的，适用第三款规定。