在缺乏直接证据的情况下，对是否构成强奸罪做出认定仍是可行的，但这将面临较大的挑战。
司法人员需要综合审视各类间接证据，从而构建起一条严密的证据链来证实犯罪事实的存在。
例如，证人证词、受害者陈述、物证及犯罪嫌疑人的自白等，若以上各方面的证据能够相互吻合并消除合理疑虑，足以确认犯罪行为确实发生过，则便可依据法律规定进行定罪裁决。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条
【重证据、重调查研究、不轻信口供原则】对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。