若缺乏充分确凿的证据来给被指控的强奸行为定罪量刑，则需由公安机关进行进一步的补充侦查活动。
经公安机关完成补充侦查之后，将案件再度移交给检察机关，由其进行严格审查之后决定是否提出公诉或撤回该案。
倘若在补充侦查完毕之后，相关证据仍旧不足以证实强奸行为的存在，则检察机关有权做出证据不足不起诉的处置决定，或者自行展开深入调查工作。

《刑事诉讼法》第五十五条
对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。