1、犯罪客体不同
虽然两罪侵犯的都是性自由权，但强奸罪侵害的是妇女拒绝性交的自由决定权。强制猥亵罪侵害的是性交以外的性权利的自愿选择。
2、犯罪对象不同
强奸罪的犯罪对象仅限于女性，包括十四周岁以上的妇女和不满十四周岁的幼女。
3、客观方面不同
强奸罪在客观方面表现为违背妇女意志，强行与其发生性关系的行为。
4、主观方面不同
强奸罪是具有和被害妇女发生性交的故意。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
(一)强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的;
(二)强奸妇女、奸淫幼女多人的;
(三)在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的;
(四)二人以上轮奸的;
(五)奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的;
(六)致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。
第二百三十六条之一【负有照护职责人员性侵罪】对已满十四周岁不满十六周岁的未成年女性负有监护、收养、看护、教育、医疗等特殊职责的人员，与该未成年女性发生性关系的，处三年以下有期徒刑;情节恶劣的，处三年以上十年以下有期徒刑。
有前款行为，同时又构成本法第二百三十六条规定之罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。
第二百三十七条【强制猥亵、侮辱罪】以暴力、胁迫或者其他方法强制猥亵他人或者侮辱妇女的，处五年以下有期徒刑或者拘役。
聚众或者在公共场所当众犯前款罪的，或者有其他恶劣情节的，处五年以上有期徒刑。
【猥亵儿童罪】猥亵儿童的，处五年以下有期徒刑;有下列情形之一的，处五年以上有期徒刑：
(一)猥亵儿童多人或者多次的;
(二)聚众猥亵儿童的，或者在公共场所当众猥亵儿童，情节恶劣的;
(三)造成儿童伤害或者其他严重后果的;
(四)猥亵手段恶劣或者有其他恶劣情节的。