1、犯罪客体不同
虽然两罪侵犯的都是性自由权，但强奸罪侵害的是妇女拒绝性交的自由决定权。
强制猥亵罪侵害的是性交以外的性权利的自愿选择。
2、犯罪对象不同
强奸罪的犯罪对象仅限于女性，包括十四周岁以上的妇女和不满十四周岁的幼女。
男性不能成为强奸罪的对象，这与我国传统法律文化有关。
对于奸淫男性的行为，只能定强制猥亵罪。
而强制猥亵罪的犯罪对象为十四周岁以上的人，猥亵不满十四周岁儿童的，定猥亵儿童罪。
可见，强制猥亵罪不限性别，男性和女性均可以成为本罪的犯罪对象。
3、客观方面不同
强奸罪在客观方面表现为违背妇女意志，强行与其发生性关系的行为。
行为人使用暴力、胁迫等方式，使妇女陷于不敢、不能、不知反抗的状态，对妇女实施奸淫。
而强制猥亵罪是指性交以外的其他侵犯他人性自由的行为，但并没有性交动作。
4、主观方面不同
强奸罪是具有和被害妇女发生性交的故意。
强制猥亵罪是性交以外侵害性自由的故意。
即强奸罪有奸淫妇女的目的，而强制猥亵罪不具有奸淫的目的。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条
【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。
第二百三十七条
【强制猥亵、侮辱罪】以暴力、胁迫或者其他方法强制猥亵他人或者侮辱妇女的，处五年以下有期徒刑或者拘役。
聚众或者在公共场所当众犯前款罪的，或者有其他恶劣情节的，处五年以上有期徒刑。
【猥亵儿童罪】猥亵儿童的，处五年以下有期徒刑；
有下列情形之一的，处五年以上有期徒刑：
（一）猥亵儿童多人或者多次的；
（二）聚众猥亵儿童的，或者在公共场所当众猥亵儿童，情节恶劣的；
（三）造成儿童伤害或者其他严重后果的；
（四）猥亵手段恶劣或者有其他恶劣情节的。