在湖北省黄冈市，通常情况下，证人保护程序是在黄冈市公安局或该局指定的派出所进行处理和实施的。在申请证人保护程序时，需向有关部门提交书面申请、提供担保人或缴纳保证金以及提供与案件相关的所有资料。
根据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》的明确规定，犯罪嫌疑人、被告人有权提出证人保护申请，而具体的审批权则归属于公安机关、人民检察院及人民法院。
此外，证人保护的期限最长不超过十二个月，同时，对于获得证人保护的被担保人，必须严格遵守相关规定，未经执行机关的批准，不得擅自离开其居住地所在的市、县，也不得与特定人员进行私自接触等行为。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第六十六条
人民法院、人民检察院和公安机关案件情况，对犯罪嫌疑人、被告人可以拘传、取保候审或者监视居住。