1、发起主体不同。起诉意见书由公安机关或检察机关制作，而起诉书是人民检察院依照法定的诉讼程序，代表国家向人民法院对被告人提起公诉的法律文书，所以又叫公诉书。
2、递送对象不同。起诉意见书递送对象为同级人民检察院或本院公诉部门，而起诉书则一般是主送人民法院，通过法院送达各被告人每人、辩护人、附入检察卷宗、附入检察院内卷。
3、其他说明。起诉书的内容与起诉意见书不一定一致。检察院可以改变起诉意见书认为涉嫌的罪名，可以对起诉意见书中部分内容起诉，部分内容不起诉。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。