法院在特定法定情形下撤销拆迁补偿协议是有效的，以下为你详细分析：
一、法定撤销情形
在拆迁补偿协议的签订过程中，可能会出现多种影响协议有效性的情况。
比如，重大误解是常见情形之一。
例如，被拆迁方对拆迁范围、补偿标准等关键信息存在错误认识，且这种错误认识对其权益产生重大影响，就构成重大误解。
显失公平的情况也时有发生，如补偿金额远远低于市场价值，导致双方权利义务严重失衡。
此外，若一方通过欺诈手段，故意隐瞒重要事实或者提供虚假信息，诱使对方签订协议；或者以胁迫的方式，迫使对方在违背真实意愿的情况下订立合同；又或是乘人之危，利用对方的危难处境获取不当利益，受损害方都有权向人民法院或者仲裁机构请求变更或者撤销该协议。
二、司法审查与判定
法院在接到相关诉求后，会进行全面且细致的审查。
审查内容涵盖协议签订的整个过程，包括双方是否在平等、自愿的基础上进行协商，双方的意思表示是否真实、明确。
同时，还会严格审查协议内容是否符合法律法规的相关规定。
只有在经审查认定确实存在上述可撤销的法定事由时，法院依法作出的撤销判决才具有法律效力。
三、撤销后的法律后果
一旦协议被撤销，就自始不具有法律约束力。
因该协议而取得的财产，应当予以返还。
若无法返还或者没有必要返还的，应当按照合理的价格进行折价补偿。
如果在协议签订过程中，一方存在过错，那么该方应当赔偿对方因此所遭受的损失；若双方都有过错，则应当各自承担相应的责任。

案情回顾:

小朱与拆迁方小李签订拆迁补偿协议后，发现补偿金额远低于市场价值，且小李在签订时故意隐瞒了部分拆迁补偿标准信息，小朱认为协议显失公平且小李存在欺诈行为，遂向法院请求撤销该协议，双方就协议是否应被撤销产生争议。

案情分析:

1、小朱主张补偿金额远低于市场价值，符合显失公平的情形，权利义务严重失衡，小朱权益受损。
2、小李故意隐瞒重要信息，构成欺诈，诱使小朱签订协议，小朱作为受损害方有权请求撤销。
3、法院审查后若认定存在上述法定事由，撤销判决有效，协议自始无约束力，取得财产应返还等。