不能。

拆迁协议有纠纷的情形下，一般不能办理房产证。
根据《不动产登记暂行条例》的规定，登记事项自记载于不动产登记簿时完成登记。
不动产登记机构完成登记，应当依法向申请人核发不动产权属证书或者登记证明。

《不动产登记暂行条例》第二十二条
登记申请有下列情形之一的，不动产登记机构应当不予登记，并书面告知申请人：
（一）违反法律、行政法规规定的；
（二）存在尚未解决的权属争议的；
（三）申请登记的不动产权利超过规定期限的；
（四）法律、行政法规规定不予登记的其他情形。