农村修机耕道时所占土地的处理方式如下：
①首先，会依据土地利用总体规划以及相关政策，明确将所占土地认定为公益设施用地。
这是为了合理规划土地用途，保障机耕道等公益设施的建设。
②对于集体土地，村集体会积极与占用土地的农户进行协商。
在协商过程中，会充分考虑农户的利益，给予他们适当的土地补偿。
土地补偿包含土地补偿费和安置补助费等，这些补偿能够切实保障农户的合法权益，让他们在土地被占用后生活不受太大影响。
③补偿标准通常是以当地的土地征收补偿标准或者相关规定为依据来确定的。
这样可以确保补偿的合理性和公正性，避免因补偿标准不明确而引发纠纷。
④如果是农户的承包地被占用，除了给予土地补偿外，还必须要考虑对承包经营权的影响。
可以通过调整承包地等方式，将对农户承包经营权的影响降到最低，从而妥善解决这一问题。
总之，在农村修机耕道的过程中，一定要确保整个过程的合法合规性，同时要高度重视农户的土地权益，让农户在土地被占用后能够得到合理的补偿和妥善的安排。

案情回顾:

小朱所在村修机耕道占用了小李的承包地，村集体认定为公益设施用地后，与小李协商补偿，但双方就补偿标准及承包经营权调整问题产生争议，小李认为补偿过低且调整方案不合理。

案情分析:

1、机耕道用地认定为公益设施用地符合土地利用总体规划及政策要求，村集体做法合理。
2、村集体与小李协商补偿体现对农户利益的考虑，但补偿标准若未按当地规定确定，就可能损害农户权益。
3、补偿标准应依据当地相关规定，确保合理性与公正性，避免引发此类纠纷。
4、对于承包地被占情况，需重视承包经营权问题，合理调整以降低对农户影响。