水土保持补偿费的申报期限如下：
1、按次缴纳的，应于项目开工前或建设活动开始前，缴纳水土保持补偿费。
2、按期缴纳的，在期满之日起15日内申报缴纳水土保持补偿费。
3、地方水库由缴费人按月向税务部门自行申报缴纳，申报缴纳期限按现行规定执行。

《中华人民共和国土地管理法》第五条
国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。
县级以上地方人民政府自然资源主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市人民政府根据国务院有关规定确定。