关于一个宅基地上有两栋房子的拆迁赔偿问题，相关要点如下：
一、合法性认定
确定两栋房子建设的合法性是关键。
建房需要经过相关部门的审批，包括用地审批、规划许可等。
如果两栋房子都具备合法的建房审批手续，那么在拆迁时，通常会依据合法建筑面积来给予补偿。
二、补偿方式
1.货币补偿：这种方式是按照房屋的评估价值，再结合当地拆迁补偿标准，对两栋房子分别算出补偿金额，最后将二者相加。
在评估过程中，会全面考虑房屋结构、成新程度等多种因素。
2.产权调换：即提供安置房屋进行置换。
会按照被拆迁房屋的合法建筑面积来确定置换面积，可能还会有一定的面积换算比例。
三、特殊情况
若部分房屋建设缺少合法手续，可能被认定为违建。
违建部分一般不会给予正常补偿，可能仅给予适当残值补偿，具体要根据当地政策和实际情况确定。

案情回顾:

小朱在自家宅基地上建有两栋房子，面临拆迁。争议点在于两栋房子建设合法性及补偿问题。其中一栋建房手续齐全，另一栋部分建设缺少合法手续，拆迁方认定违建部分不予正常补偿，小朱对此有异议。

案情分析:

1、关于合法性认定，有合法建房审批手续的房屋，拆迁时应按合法建筑面积补偿，如核发了建房许可证且按要求建设的，能获合理补偿。
2、补偿方式上，货币补偿需结合评估价值和当地标准计算两栋房补偿金额相加；产权调换按合法建筑面积和换算比例确定置换面积。
3、对于违建部分，一般不给正常补偿，只给适当残值补偿，具体依当地政策定。