关于只有拆迁协议的回迁房能否查封的问题，需要根据不同情形具体分析：
一、一般情况下可以查封
回迁房虽然仅有拆迁协议，但它对于被拆迁人而言，是一种重要的财产权益。
在符合法定条件时，法院有权依法对其进行查封。
例如，当被拆迁人在经济活动中与他人产生债务纠纷，且债权人依据相关法律规定，向法院申请对被拆迁人的财产进行保全或者申请强制执行时，法院就会考虑对被拆迁人的回迁房权益采取查封措施。
这是为了保障债权人的合法权益，确保在债务纠纷得到妥善解决的过程中，债务人有足够的财产用于偿还债务。
二、存在限制情况
在某些特殊情形下，回迁房的查封会受到限制。
一方面，如果拆迁协议本身存在重大争议，比如协议条款模糊不清、双方对协议内容的理解存在严重分歧等，并且还没有明确的生效法律文书来确定回迁房权益的归属，那么法院在决定是否查封时会非常谨慎。
另一方面，若该回迁房涉及公共利益、保障民生等特殊情况，例如是为了安置贫困家庭、解决特定区域居民的住房困难等，法院同样会审慎考量查封事宜。
总之，法院在面对只有拆迁协议的回迁房查封问题时，会全面综合各种因素，结合具体案件的实际情况，来做出是否查封的决定。

案情回顾:

小朱与小李存在债务纠纷，小朱有一套只有拆迁协议的回迁房。小朱拒绝还钱，小李申请法院查封小朱的回迁房。但小朱称拆迁协议存在条款模糊问题，且该房是用于安置贫困家庭，不应被查封，双方就回迁房能否被查封产生争议。

案情分析:

1、一般情况下，回迁房虽是仅有拆迁协议，但属于被拆迁人的财产权益。小李申请查封，若符合法定条件，法院为保障其债权，有权考虑对小朱的回迁房权益采取查封措施。
2、本案中拆迁协议存在条款模糊争议，且回迁房涉及安置贫困家庭的公共利益，法院会谨慎考量，综合各种因素，结合实际情况决定是否查封。