针对运费险拒绝赔偿的申诉程序可按以下步骤进行：
1.首先需要启动立案申请，由上诉法院对相关裁定或判决进行审核，然后将其提交给审判庭进行进一步审理并作出最终裁决；
2.在审理过程中，需要提前三天向当事人发送开庭通知，明确开庭时间、地点以及审理本次案件的执法人员等信息；
3.在正式开庭之前，需要对所有参与方的身份进行核实，并宣布组成合议庭的法官名单；
4.接下来，当事人需就案件事实进行详细陈述；
5.同时，还需告知证人在法庭上的权利与义务，并要求证人出庭作证，宣读未到场的证人证词，展示相关的书面证据、实物证据及音像资料等；
6.在这个环节中，各方当事人可以就存在争议的事实和法律问题展开辩论和论述；
7.最后，合议庭会根据审理情况进行合议，并作出最终裁决；
8.在裁决公布之后，将进行公开宣判。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百八十一条
【被不起诉人对不起诉决定的申诉】对于人民检察院依照本法第一百七十七条第二款规定作出的不起诉决定，被不起诉人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。人民检察院应当作出复查决定，通知被不起诉的人，同时抄送公安机关。