农村房屋在特定条件下，法院是能够进行查封的，以下为您详细分析：
一、合法产权房屋的查封情况
当农村房屋具备合法的产权证明，像房屋所有权证这类证件时，在涉及相关法律案件的情形下，法院可能会对其进行查封。
为了保障自身权益，债权人可能会在诉讼过程中向法院申请财产保全，此时法院有权对该农村房屋进行查封，防止房屋所有人在诉讼期间转移财产。
或者在债权人胜诉后，若房屋所有人仍不履行还款义务，债权人申请强制执行，法院同样有权依法查封该房屋，以便后续通过合法途径对房屋进行处置，从而实现债权人的债权。
二、非法或产权不明房屋的处理方式
对于没有合法产权证明，或者存在产权争议的农村房屋，法院通常会持谨慎态度来处理。
但法院会根据具体案件的实际情况，采取其他合适的措施来保障当事人的合法权益。
值得注意的是，即便法院决定查封农村房屋，也必定会遵循法定程序，充分保障房屋所有人的基本生活居住权益以及其他合法权利。

案情回顾:

小朱与小李存在债务纠纷，小朱欠债不还，小李起诉。小朱农村房屋有房屋所有权证，小李诉讼中申请财产保全，法院查封该房屋。后小朱对查封有异议，认为不该封其住房。另外，小胡的农村房屋无合法产权且涉违建，法院未直接查封，小胡质疑法院保障权益不到位。

案情分析:

1、小朱房屋有合法产权证明，在债务纠纷中，小李申请财产保全，法院为防止小朱转移财产，有权依法查封，保障债权人权益。在小朱不履行还款义务时，法院可进一步处置房屋实现债权。
2、小胡房屋无合法产权且涉违建，法院持谨慎态度不直接查封是合理的，采取限制使用、收益等其他措施，能避免当事人更大损失，也是保障权益的体现。