涉及到解除劳动合同的赔偿金额，是否应该将保密协议纳入考量因素，这主要取决于保密协议的详细规范及由当事人双方所达成的明确共识。
在大部分情况中，若保密协议包含了解除合约后的赔偿款项，并且其条款内容皆合法合规，在制定赔偿金额时便需顾及到该方案的影响。
然而，如果保密协议中的条文与现行法律法规相冲突，或是双方在解约过程中就如何处理保密协议事宜达成了新颖而又统一的共识，那么这种情形下，可能已经不能再依赖原有保密协议的保障了。

《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。