自动离职有工资，但是由于没有办理离职手续，所以没办法结算工资。
自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。有的职工因辞职未准或要求解除合同未被同意，便擅自离职或违约出走；有的职工未说明原因不辞而别；也有的受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等均属自动离职范围。
辞职与离职的区别如下：
1、含义不同：
（1）离职：是指职工离开原职务和原工作单位的劳动法律制度；
（2）辞职：即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。
2、类型不同：
（1）离职有两种情况：一种是离职休养，离职入校学习进修，停薪留职，这种离职不终止劳动法律关系，另一种是职工本人要求辞职被单位批准离职，被单位辞退离职、自动离职等，这种离职终止劳动法律关系，离职职工根据不同情况享受不同的待遇；
（2）辞职一般有三种情形：一是依法立即解除劳动关系，如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求，二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同，三是向用人单位提出申请，双方协商一致解除合同。
3、原因不同：
（1）离职的个人因素主要包括：一是个性特征如个性、控制力、自信力，二是职业特征如职务、技术水平、专业化、年龄，三是生活特征如婚姻、家庭、生活条件等；
（2）辞职的原因大多与薪资挂钩，对工作的不满意度所决定。
自动离职有补偿的情形有：
1、以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动；
2、未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件；
3、克扣或者无故拖欠劳动者工资；
4、拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬；
5、低于当地最低工资标准支付劳动者工资。

《工资支付暂行规定》第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。