妨害传染病防治罪立案条件是：
1、供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；
2、拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的；
3、拒绝执行疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。
4、其他条件。

《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》第四十九条
违反传染病防治法的规定，引起甲类或者按照甲类管理的传染病传播或者有传播严重危险，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；
（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、粪便进行消毒处理的；
（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；
（四）拒绝执行疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。