一、员工自动离职劳动合同会解除吗
自动离职可能会解除劳动合同。
如果劳动者自动离职的行为严重违反了用人单位的规章制度，用人单位可以解除劳动合同。如果劳动者自动离职解除劳动合同，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
自动离职是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
法律依据：
《劳动合同法》第九十条
劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
二、自动离职事实的确认
认定劳动者自动离职应把握三点:
第一，劳动者有离开企业且在规定时限内不愿回企业的主观意愿;
第二，未履行相关手续或虽履行了手续但未经企业批准;
第三，超过规定的时限。
最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第六条规定，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。作为管理者，用人单位始终处于主动地位，故用人单位应就其有关职工“自动离职”的主张承担举证责任。
根据规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。作为一种双方行为，无论是劳动者首先提出解除还是用人单位首先提出解除，只要对方同意达成一致意见，均可解除劳动合同。因此双方协商一致解除劳动合同的首要条件就是劳动者和用人单位之间的合意，而劳动者自动离职与用人单位按自动离职处理均不属双方合意解除。
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