如果摩托车被依法扣留而未得到及时处理，车辆将在三年后依照相关法律法规，以无人认领的情况下进行公开拍卖。
然而，当机动车被实施扣押措施时，交通警察部门将会自动与机动车所有人取得联系，因此无需担忧机动车被扣留后车主不知情或者故意回避而未对其进行相应处理。

《道路交通事故处理程序规定》第三十九条
因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，并开具行政强制措施凭证。
扣留的车辆应当妥善保管。
公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物。
对所载货物在核实重量、体积及货物损失后，通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。
无法通知当事人或者当事人不自行处理的，按照《公安机关办理行政案件程序规定》的有关规定办理。
严禁公安机关交通管理部门指定停车场停放扣留的事故车辆。