12123上能处理公司车的违章。但是若是有扣分的，只能处理不超过三分的违章行为，超过三分的，应当在交通管理部门处理。
处理步骤如下：
1、登录交管12123APP，点击主页的“更多”进入“违章处理业务”页面的“违法处理”。
2、选择对应的未处理违章，在下方点击处理并交款，同意电子监控违法处理业务规则。
3、进入确认缴款界面，填写手机收到的验证码，点击确认缴款。
4、核对决定书编号、号牌号码、违法时间、罚款金额等内容，然后支付即可。

《中华人民共和国道路交通安全法》第二十四条
公安机关交通管理部门对机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的行为，除依法给予行政处罚外，实行累积记分制度。公安机关交通管理部门对累积记分达到规定分值的机动车驾驶人，扣留机动车驾驶证，对其进行道路交通安全法律、法规教育，重新考试；考试合格的，发还其机动车驾驶证。
对遵守道路交通安全法律、法规，在一年内无累积记分的机动车驾驶人，可以延长机动车驾驶证的审验期。具体办法由国务院公安部门规定。