湖南省境内高速公路交通肇事案中，如果检察机关决定不予起诉，其主要原因可能包括：1.检方经过深入调查取证后，发现相关证据尚不足以证实涉案人员确实存在犯罪行为；2.在事故发生过程中，涉案人员并未表现出明显的过失或不当行为，其所涉及的情节相对轻微；3.涉案人员能够积极主动地承担相应责任，对受害人进行了充分的赔偿，并且得到了受害人的谅解，因此该案件的社会影响较为有限。根据我国《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条之规定，对于那些犯罪情节轻微、依照刑法规定无需判处刑罚或者可以免除刑罚的案件，人民检察院有权依法做出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的不予追究刑事责任的情形的，人民检察院应当作出不起诉的决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉的决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。