损失由债权人承担。如果已经提存，那就是意味着双方的债权债务已经消灭，提存的原因归于债权人，因此如果标的物损失，当然是由债权人承担。但是如果是有关部门在提存时存在过失，也会承担相关责任。
《民法典》第五百七十条 有下列情形之一，难以履行债务的，债务人可以将标的物提存：
（一）债权人无正当理由拒绝受领；
（二）债权人下落不明；
（三）债权人死亡未确定继承人、遗产管理人，或者丧失民事行为能力未确定监护人；
（四）法律规定的其他情形。
标的物不适于提存或者提存费用过高的，债务人依法可以拍卖或者变卖标的物，提存所得的价款。