在司法实践中，法院一般会根据案件具体分析阴阳合同的标的额或者所涉及的财产利益，不同情况有不同的处理方式，一般法院会按以下两种办法处理：
1、合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则；
2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。

《中华人民共和国民法典》第五百零九条
当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。