关于股权转让的协议可能会因为以下几种情况而被确认为无效文件：
首先是由于某方在签订合同时采取了欺诈或威胁的手段，这样的行为可能会对国家整体利益造成实质性的伤害。
其次是存在着串谋行为，这种行为明目张胆地损害了国家、集体或第三方的利益。
再者，如果协议的内容是以合法的形式来掩饰其真实的非法目的，那么它也有可能被宣布无效。
此外，如果该协议的实施过程中损害到了社会公共利益，那么它同样也不能获得认可和批准。
最后就是违反了相关法律和行政法规中的强制性规定，这也是作为无效文件的一个重要原因。
比如，当出让方刻意隐瞒公司所背负的重大债务时，这种行为可能会使接受方误入歧途，从而使这份股权转让协议面临被判定无效的处境。

《中华人民共和国民法典》第一百四十八条
一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。