一般来说，在一个合同中，若赔偿条款不合情理并未完全说明其原因，未必就能直接使整个合同被视为无效。
有关合同是否为无效，主要取决于该合同是否符合《中华人民共和国民法典》中的哪些无效情形。
例如：
其中一方通过虚假陈述、威胁逼迫等手段签订了这个合同，这可能会损害到国家的公共利益；
两个毫无关联的个人或团体相互勾结，导致第三方受损；
通过所谓合法的手段掩饰其实际上违法的行为意图；
对社会共同利益造成严重影响；
以及违反了中国相关法律、行政法规所设定的禁止性的规定等等。
在实际处理这些问题时，如果发现赔偿条款的确定金额过多或者过少，那么法院会依据公平公正的原则和当事人实际遭受的损失情况，对此类赔偿条款进行相应的调整，而并非直接判定整个合同为无效。
然而，如果发现这个赔偿条款的不合情理已经到了严重失衡的境地，那么任何一方都有权向法院请求撤销此条款。
总的来看，仅仅因为赔偿条款不合情理并不能作为判断合同是否有效的唯一标准。