根据常规实践，补充协议乃是对原有合同的充实与深化，对于效力的关系，它往往与原有合同保持一致，并不存在绝对的哪一方具有更高的地位或更大的话语权。
然而，若补充协议与原有合同之间出现矛盾，并且双方已经明确约定补充协议应优先适用，或者补充协议是在更晚的时间点签订的，反映出了双方在特定时间段内最新的真实意愿，那么在这些矛盾的领域中，补充协议将被赋予优先适用的地位。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。