股权转让协议存在效力缺失的情况可以归结为以下几点：首先是当事人采用欺诈或恐吓的手段订立合同，从而对国家的利益造成了实质上的损害；
其次是双方在未经通知第三方的前提下，私自达成协议，这种行为严重损害了国家、集体以及第三方的利益；
再者就是当事人通过看似合法的方式来掩饰其真实的非法目的；
此外，如果该协议的实施会对社会公共利益产生负面影响，那么它也将面临着被判定为无效的风险；
最后，如果协议的内容违反了法律、行政法规中的强制性规定，那么它同样有可能被视为无效。
举例来说，如果转让方在和受让方签署合同之前故意掩盖了他们公司存在重大债务的事实，最终导致受让方向错误的方向前进并签订了合同，这样的行为极有可能被法院裁定为合同无效。

《中华人民共和国民法典》第一百四十四条
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。