红笔写的协议有效。根据法律规定，合同格式、合同字体颜色以及合同的具体内容均由双方当事人协商确定，法律并不禁止合同适用红色字体。此外，依法订立的合同，自双方当事人签字、盖章或按指印时成立，合同的字体颜色并不会影响合同的成立。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条
依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。
依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。