公章备案和不备案的区别有：
备案的公章由公安局依法授权、证明该印章是合法所得，未备案的公章无法取得公安局授权；
公司加盖备案公章的文件具有法律效应，未备案的不具有法律效应；
备案的公章可以寻求法律途径进行保护，未备案的公章不受法律保护。

《印章治安管理办法》第八条
企业事业单位、民政部门登记的民间组织、村（居）民委员会和各协调机构及非常设机构需要刻制印章的，应当凭上级主管部门出具的刻制证明和单位成立的批准文本到所在地县级以上人民政府公安机关申请办理准刻手续。无上级主管部门的，应当凭登记管理部门核发的营业执照、登记证书或者所在地公安派出所出具的证明，到所在地县级以上公安机关申请办理准刻手续。办理准刻手续的经办人员，需持刻制单位的委托证明和本人身份证明；办理人名章准刻手续的，同时提供名章所刻人名的身份证明。县级以上人民政府公安机关自接到申请之日起三个工作日内作出是否核发准刻手续的决定。对符合条件的，出具准刻证明；不符合条件的，书面通知申请单位并说明理由。