若借款协议被鉴定为无效，应遵循我国《中华人民共和国民法典》第一百五十七条之规定进行处理。
即，行为人因该行为所获得的财产，应当全数归还。
若无法归还或无须归还，则需以货币形式进行折价补偿。
若其中一方存在过失，应对另一方因此而遭受的损失负责赔偿；
若双方均有过失，则应各自承担相应的法律责任。
因此，在借款协议无效的情况下，应依据上述法规处理财产返还或折价补偿事宜，同时根据过失程度来判定赔偿责任。

《中华人民共和国民法典》第一百五十七条
民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。