借款合同超过两年的，当事人可以与对方协商归还所借款项。
根据法律规定，当事人向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，因此如果对方不归还所借款项的，当事人可以及时向人民法院提起诉讼，请求人民法院依法判决其归还款项。
此外，就算经过三年诉讼时效，当事人仍然可以向人民法院提起诉讼，只是对方此时拥有诉讼时效抗辩权。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。